北京大学医学部档案馆是医学部各类档案的管理和保存机构，现挂靠在医学部党委办公室、主任办公室。馆址设在医学图书馆一层东侧,建筑面积约350平方米。学校1979年恢复档案工作，隶属于北京医学院院长办公室。1989年3月6日成立北京医科大学档案馆，是学校领导下的独立直属单位。2001年6月21日更名为北京大学医学部档案馆。

　　档案馆负责医学部各单位立卷归档的业务指导、监督检查和档案材料的接收、整理、保管、借阅、统计、鉴定、销毁和提供利用工作。档案馆的职能定位是建设成为医学部各类档案资料保管、开发、利用的中心；成为医学部历史、高等教育发展史研究的基地；成为爱国主义、爱校意识教育的基地；成为信息服务中心之一。截止2008年12月，馆藏档案总量达49575余卷。档案馆馆藏资源丰富，形成了党政文书、教学、科研、基建、历史、外事、出版物、财会、人物、声像、礼品、设备、产业和照片等十四个门类档案。档案馆在不断丰富馆藏的同时，重视档案信息资源的开发，积极以多种方式提供利用，为社会各界服务。档案馆成立以来，编写了《北京医科大学人物志》、《学校1989年以来文件汇编》、《北京医科大学历任校长、书记沿革》、《北京医科大学历届党代会简介》、《北京医科大学机构沿革1953-1996》、《北京医科大学历年干部任免名录》、《北京医科大学科研机构汇编1952-1996》、《剪报目录汇编》等编研材料。为撰写记述北医建设、发展和改革历史的 “北京医科大学八十年”和“走向新世纪的北医”两本书提供了大量文字史料和照片记录。

　　档案馆积极参加各级档案学会的活动，提高了社会影响力。2005年和2008年两次获得北京高等教育学会档案研究会评选的“北京高校档案先进集体”。

　　档案馆立足国家标准和学校的实际情况，积极推进档案的收集、整理和提供利用方式的改革，大力建设档案信息化工作。随着档案工作逐步现代化，我们将更加注重档案编研和信息开发工作，以富有特色的馆藏，全力为学校教学、科研、管理提供服务，在新的历史发展时期，医学部档案馆全体人员上下齐心协力，“以资源求生存，以服务求支持，以创新求发展”，为建设现代化的高校档案馆的目标而努力。