医学部现在保管的档案包括教学、科研、党政文书、历史、外事、出版物、财会、基建、人物、礼品、产业、设备、声像和照片等门类。其中主要门类档案如：

　　教学档案： 教学档案分教学综合档案和研究生学位档案。综合部分收藏了教育处、研究生院、继续教育处、国际合作与交流处所属的留学生办公室等部门以及各学院的文书档案（包括学科建设、教学管理、招生、学籍管理、教材等）。研究生学位档案包括研究生从入学到答辩整个培养过程的综合卷、原始记录卷及学位答辩论文等。临床专业的研究生科研记录1994年起由各附属医院档案室负责管理和保存。1986年起博士后入站及出站综合材料和博士后研究工作总结也编目在此。

　　科研档案： 科研档案包括科研综合档案和科研课题档案。科研综合档案始自1955年。科研课题档案始于1974年，主要包括开题准备、研究实验记录、总结鉴定、成果申报、推广应用等方面的材料。学校规定，课题结束后申报科研成果奖必须有档案馆出具的课题归档证明。

　　党政文书档案：党政文书档案主要是学校在党务、行政管理活动中形成的各种文件材料，包括历届党代会、党委会、教代会、团代会、校长办公会等各种会议文件、记录、纪要和工作简报；学校各部门及各学院年度工作总结、计划、统计资料、大事记；学校机构设置与调整、干部任免、职称评聘、人员奖惩以及医学部各级人大代表、政协委员材料。

　　历史档案：由于学校体制的变化，档案馆存有的历史档案主要是原北京大学医学院期间的毕业生名册、同学录、教职员名录、会议记录簿、学校总览介绍、教材讲义、论文集、招生简章、院庆材料等。

　　出版物档案：出版物档案主要有学校主办出版的报纸和刊物。除北京医科大学出版社成立以来编辑出版的医药专著、教材、科普读物等外，期刊有1954年创刊的《新北医》和《北医》、1959年创刊的《北京医学院学报》、1972年的“北医通讯”和后来的《北京医学院》校报，以及《生理科学进展》、《生物化学杂志》、《北医大学报》（含社会科学版）、《性学》、《中国药物依赖性杂志》等。

　　基建档案：基建档案分为综合、工程两部分。综合部分主要保存我校历次征地、购地文件、总平面图、总体规划、建房计划及批复、房产证书、房屋普查材料、基建工作计划、总结、规章制度、基建统计、财务决算、年报、凭单等。工程部分包括1953年以后竣工后的各个建筑物的工程建设图纸和有关竣工材料。

　　人物档案：人物档案从1992年开始征集。现保存的材料涉及医学部两院院士、博士生导师，北京医学院和北京医科大学历任校领导的有关材料。主要包括：专著、聘书、证书、手稿、照片、奖章、奖杯等。